Himpunan Mahasiswa (HIMA) dan Himpunan Mahasiswi (HIMI) Persatuan Islam lahir sebagai bagian dari dinamika perjuangan Persis yang bertujuan mengamalkan syari’at Islam dalam segla aspek kehidupan, kelahirannya dirasakan sangat tepat, sebab perjuangan mengamalkan syari’at Islam berdasarkan Quran dan as-Sunnah bisa sempurna apabila seluruh komponen umat terlibat didalamnya, termasuk para mahasiswa sebagai generasi muda itelektual.
HIMA dan HIMI Persis didirikan pada tanggal 24 Maret 1996 I Cianjur dengan tujuan membentuk insane akademis, mujaddid, revolusioner, dan berkepribadian Islami menurut Quran dan as-Sunnah. Untuk mencapai tujuan tersebut dilakukan berbagai usaha antara lain:
1. HIMA Persis berusaha menghipun dan mengembangkan potensi mahasiswa dalam upaya meningkatkan pembinaan mahasiswa dan masyarakat.
2. Membimbing, membina, dan menggerakkan anggota guna meningkatkan fungsi HIMA Persis sebagai organisasi kader bagi masyarakat.
3. Berperan secara aktif, kreatif, konstruktif dan inovatifdalam mengembangkan pemikiran keagamaan, ilmu pengetahuan dan teknologi bagi kemaslahatan umat.
4. Mejalin kerjasama dengan berbagai organisasi dan instansi.
5. Mengamalkan segala usaha yang selaras dengan tujuan organisasi.
Organisasi otonom HIMA dan HIMI Persis memiliki perbedaan dalam struktur organisasi otonom lainnya di lingkungan jam’iyyah Persis, yakni adanya susunan pimpinan organisasi mulai dari Pimpinan Pusat yang merupakan Penyelenggara organisasi tertinggi, koordinator wilayah untuk mengkoordinir Jaringan Madinah yang berada di bawahnya.
Jaringan Madinah merupakan pembantu Koordinator Wilayah yang dibentuk untuk memimpin dan mengkoordinir komisariat-komisariat yang ada di kota dan atau kabupaten, dan komisariat yakni pimpinan yang dibentuk untuk memimpin dan mengkoordinir mahasiswa yang ada di perguruan Tinggi masing-masing. Para pimpinan organisasi berhak mengatur dan memimpin organisasi dengan tingkatan dan wewenangnya.
Bersamaan didirikannya HIMA Persis didirikan pula HIMI (Himpunan Mahasiswi) Persatuan Islam yang tujuan dan usahanya (HIMI memakai istilah Rencana Jihad) sama dengan HIMA Persatuan Islam, sehingga mereka dapat bekerja kolektif disesuaikan dengan karakter mahasiswa dan mahasiswi.